L'Agence Routière du Burundi comporte une Direction Générale qui comprend à son tour: 

- un secretariat

- une Cellule suivi-évaluation,

- une cellule juridique

 - une cellule contrôle interne

Pour épauler la Direction Générale, il a trois directions notamment: - la Direction du Fonds Routier,

- la Direction de la Planification et Etudes,

 - la Direction de l'Execution des Travaux Routiers.

La Direction Générale assume l'ensemble des fonctions de stratégies, de coordination et de supervision des activités liées aux missions de l'Agence. Elle a également une fonction de suivi-évaluation et de performance.