East Africa regional higher education interactions and cooperation remontent à l’ère pré-indépendance, lorsque le Makerere University College était le seul établissement d’enseignement supérieur dans la région desservant des étudiants du Kenya, du Tanganyika et de Zanzibar en Afrique de l’Est.

Ainsi que de la Rhodésie et du Nyassaland de l’Afrique centrale et australe, qui comprennent maintenant le Malawi, la Zambie et le Zimbabwe. Plus tard, en 1963, des collèges universitaires ont été formés à Nairobi et à Dar es Salaam en tant que collèges constitutifs de l'Université de l'Afrique de l'Est qui avait été créée à l'époque de l'indépendance des quatre pays (Ouganda, Kenya, Zanzibar et Tanganyika). Makerere College était le troisième collège constituant de l'Université de l'Afrique de l'Est.

En 1970, l'Université de l'Afrique de l'Est a été dissoute et l'Université de Dar es Salaam, l'Université de Makerere et l'Université de Nairobi ont été créées en tant qu'universités nationales distinctes pour la Tanzanie, l'Ouganda et le Kenya. La même année, en raison de la nécessité de maintenir la collaboration entre ces universités, le comité interuniversitaire (IUC) a été créé sous les auspices du premier CAE. Le rôle de l'IUC était de faciliter les contacts et la coopération entre les trois universités (Université de Dar es-Salaam, Université de Makerere et Université de Nairobi). IUC était hébergé à Kampala, en Ouganda. En 1977, l'ancienne CAE s'est effondrée et le soutien que l'IUC recevait des États partenaires a diminué. Toutefois, l’UIC a continué de coordonner la coopération entre les trois universités, malgré des contraintes de ressources qui limitaient considérablement ses fonctions.