Le JRS Burundi a commencé à travailler avec les Burundais déplacés à l'intérieur de leur propre pays en 1995. Après le retour d'une paix relative dans la région, le Service Jésuite des Réfugiés a réorienté son soutien vers l'intégration de plus de 500 000 anciens réfugiés qui ont commencé à rentrer chez eux de Tanzanie en 2002. À cette époque, Le JRS a commencé à fermer progressivement ses projets restants. Cependant, le conflit civil a recommencé en 2015 et une nouvelle rébellion a des conséquences désastreuses pour le Burundi. Depuis lors, le JRS a intensifié ses efforts pour servir à nouveau les Burundais déplacés et les réfugiés dans le pays.

Actuellement, le JRS Burundi travaille dans la ville de Bujumbura et dans les provinces de Ruyigi et Muyinga. Dans les provinces, le JRS facilite l'éducation formelle et informelle dans les camps de Kinama et Musasa à Muyinga, et Kavumu et Bwagiriza à Ruyigi, où plus de 32 000 familles congolaises se sont installées à long terme. En outre, des activités de développement de la petite enfance, de sports et de loisirs sont également mises en œuvre pour promouvoir le bien-être psychosocial des enfants réfugiés dans les camps.

Avec le soutien du Fonds pour les femmes, quelque 300 réfugiés urbains (principalement des filles) vivant à Bujumbura, la capitale, ont accès à l'éducation publique et à une formation sur les moyens de subsistance pour promouvoir l'amélioration de leur situation socioéconomique et leur intégration dans les communautés locales environnantes.